Een van de belangrijkste functies van Controlplus is de volledig waterdichte automatische betalingsmodule. 

Volledige lijst
Met deze module kan je een volledige lijst van ledentransacties in gebundeld formaat (batch) direct automatisch laten afschrijven.  Voordat het echte bestand uitgestuurd wordt, maak je een testbatch aan om te controleren of alle transacties kloppen. Er wordt dan gelet op geldig banknummer, BIC-nummer e.d. 

SEPA
2012 is het jaar van de verandering.  Vanaf dit jaar verliezen alle lokale standaarden hun betekenis en gaan over in de nieuwe Europese standaard SEPA (Single Euro Payment Area).  Deze nieuwe op XML gebaseerde standaard zal worden toegepast in alle Europese landen en enkele extracommunautaire landen zoals Noorwegen, Zwitserland en Andorra. Uiteraard is Control Plus aangepast aan de nieuwe SEPA standaard.